La compensation écologique doit, dans la mesure du possible, se faire à proximité immédiate du site concerné par le projet impactant ou dans sa continuité (par exemple le même bassin versant). Aussi, et pour garantir la pérennité de la compensation, des mesures de gestion devront également être mises en œuvre.
Il est aussi nécessaire que les mesures proposées soient équivalentes sur le plan écologique aux milieux impactés du projet. Ainsi, une zone humide impactée devra être compensée par la restauration d’une zone humide équivalente (prairie, bois, marais…), de même pour les habitats d’espèces protégées (haies, mares, fourrés, boisements…).
Enfin, la dernière règle de la plus-value écologique doit être respectée. Ainsi, le milieu restauré devra être en meilleur état écologique après restauration, pour accueillir les espèces cibles ou présenter de meilleures fonctions dans le cas des zones humides. Il est donc nécessaire de faire un état des lieux détaillé des milieux à restaurer avant intervention, puis dans le cadre du suivi, de justifier de la réussite des mesures selon différents indicateurs (retours d’espèces, fonction de zone humide, habitats de cours d’eau…).